La Taranto ecclesiastica del ‘700, già ricca di presenze religiose sia nella città vecchia dell’isola e sia nel nuovo Borgo, dopo molte resistenze accettò l’impianto di una residenza alcantarina all’imbocco dei due mari, voluta espressamente dal Sindaco e dall’Amministrazione civica. Infatti Giovanni Antonio Orsini, figlio di Raimondello Orsini e Maria d’Enghien, principe di Taranto, volle fondare in questa città una chiesa dedicata a S. Antonio con relativa casa religiosa per i Frati Minori della Regolare Osservanza (1444-1448), mettendo a disposizione una propria villa con giardino nei pressi del Mar Piccolo e donando una “tabula depicta mirae pulchritudinis” con l’immagine di S. Antonio di Padova. Dopo circa 150 anni i Frati della Riforma per la Custodia di S. Nicolò ottennero il 28 novembre 1597 anche questo Convento di Taranto, il quale possiede il più grande e il più artistico chiostro della città.

Dopo la soppressione della fine del 1800, la storica e vasta struttura del Convento francescano di S. Antonio è stata utilizzata come Carcere Circondariale di Taranto dal 1875 fino al 1986. Tra le mura di questa casa minoritica fiorirono religiosi che emersero per le scienze teologiche e letterarie e per santità, ricordiamo: P. Bonaventura Morrone da Taranto, eccellente oratore e poeta, P. Antonio da Veglie, Missionario nella Custodia di Terra Santa e rinomato Teologo, Fra Paolo Jurlia da Salice Salentino, abile maestro tessitore e santo religioso, e il Servo di Dio, Fra Egidio Vizzaro da Taranto.

Nonostante la presenza dei Frati Riformati, Taranto desiderava avere nel nuovo borgo della città una comunità di Frati Alcantarini, apprezzati per la loro vita austera e la loro santità. Ma per la loro fondazione i Padri Alcantarini dovettero superare le opposizioni del clero diocesano, dell’Arcivescovo di Taranto, Mons. Giovanni Rossi (1738-1750), e soprattutto dei Frati Minori Riformati del vicino Convento di S. Antonio, e forse anche dei dirimpettai religiosi Carmelitani. Queste opposizioni durarono per ben 12 anni da quando il Sindaco di Taranto, Giovanni Delli Ponti, il 31 maggio 1736 chiese ufficialmente al Provinciale Alcantarino di Terra d’Otranto, residente nel Convento di S. Giacomo a Lecce, di fondare un convento di Frati Alcantarini nella propria città. Anche il Castellano di Taranto, a costruzione iniziata, presentò delle difficoltà in quanto la nuova costruzione si veniva a trovare troppo vicino alla fortezza del Castello.

In verità la fondazione del convento di S. Pasquale Baylon a Taranto la si deve principalmente ad un fratello laico, Fra Serafino Carrozzini di Soleto, il quale riuscì ad ottenere dal Re di Napoli, Carlo III, e dalla sua consorte, Amalia di Sassonia, il Decreto di fondazione il 15 aprile 1747 (la motivazione del Decreto era questa: “E’ necessario costruire il convento a Taranto, perché Madama la Regina lo vuole”), avvalorato dal Breve pontificio di Papa Benedetto XIV “Ex injunctae”, inviato proprio all’Arcivescovo di Taranto, Mons. Giovanni Rossi, il 23 aprile 1748.

In tempi ragionevolmente brevi, dopo la posa della prima pietra il 2 giugno 1748, una parte del convento era pronta già nel 1761, quando s’insediò la prima Fraternità con il Guardiano P. Serafino dell’Immacolata. L’intera struttura conventuale fu completata su un impianto classico nel 1787 e fu abitato da un nutrito numero di religiosi.

Va segnalata la donazione fatta ai Frati alcantarini da parte dell’Arcivescovo di Taranto, Mons. Francesco Saverio Mastrilli (1759-1777), della sua ricca biblioteca e di numerose tele, ora esposte in sacrestia e nei corridoi del Museo Nazionale Archeologico di Taranto. La chiesa, terminata qualche anno dopo la costruzione del convento, probabilmente nel 1794, presenta un impianto architettonico in stile barocco snello e sobrio negli stucchi; alla navata centrale si affiancano due passaggi che corrispondono a due navatelle laterali; nella navata di sinistra si trova l’altare di S. Egidio che custodisce la reliquia insigne del santo (femore); l’altare centrale in marmi policromi del sec. XVII proviene dal Monastero soppresso delle clarisse della città vecchia.

Con molta probabilità sia il Convento come pure la Chiesa si devono attribuire all’Architetto, molto amico di Fra Serafino Carrozzini, Antonio Borbone di Napoli, autore anche della chiesa di S. Pasquale a Chiaia di Napoli, molto simile a quella tarantina. La chiesa e la sacrestia conservano un cospicuo numero di tele di grande valore artistico, tanto da costituire una vera e importante pinacoteca di arte sacra per la città di Taranto e per tutta la Puglia. Per la sua posizione strategica nella regione dove vi erano presenze alcantarine della Provincia di S. Pasquale di Lecce, il Convento di Taranto spesso fu scelto come sede privilegiata di Capitoli provinciali. Ben presto i Frati di S. Pasquale si riappropriarono del culto a S. Pasquale e alla Madonna del Pozzo, già curato a Taranto dai Frati Riformati di S. Antonio, e diffusero con molto il culto al Beato Egidio Maria Pontillo di Taranto. Lo storico convento di S. Pasquale Baylon di Taranto restò quasi immune durante la soppressione napoleonica, ma fu requisito totalmente e con un anno di anticipo (1865) in seguito alle Leggi eversive del luglio 1866 e agosto 1867. Le sue numerose celle servirono come carcere, ricovero per persone bisognose. Nel 1875, quando i detenuti furono trasferiti nel soppresso Convento S. Antonio dei Frati Riformati, tutto il complesso dell’antico convento alcantarino, radicalmente trasformato dallo Stato italiano, divenne prestigiosa sede del Museo Archeologico Nazionale, inaugurato e aperto al pubblico nel 1887. Oggi dopo impegnativi e costosi lavori di restauro, dotato delle più moderne attrezzature espositive, il Museo di Taranto è diventato il più importante Museo Archeologico della Magna Grecia con la sigla MarTa.

Nel 1881 i Frati francescani, estromessi nel 1865 dalla loro abitazione religiosa, costruirono nel 1881 in un pezzo di giardino accanto alla sacrestia della Chiesa di S. Pasquale un piano terra e poi anche un primo piano in pietra per la Fraternità che gradatamente si andava ricomponendo.

In tempi relativamente recenti (1935) furono sopraelevati un secondo e un terzo piano, costruiti in economia con solai in cemento armato per accogliere i numerosi giovani in formazione. Mons. Guglielmo Motolese, Ausiliare dell’Arcivescovo di Taranto, Mons. Ferdinando Bernardi (1935-1961), propose anche la chiesa di S. Pasquale come parrocchia, che i Frati accettarono con la Convenzione del 10 gennaio 1961, nominando primo parroco, P. Teodosio Lischi.