Su richiesta del popolo di Manduria, fatta propria dal Vescovo di Brindisi, il Papa Sisto IV col Breve “Piis votis” del 15 giugno 1474 concede la facoltà di fondare la casa religiosa per i Frati francescani dell’Osservanza.

Le fonti storiche riferiscono concordi che il vero promotore dell’iniziativa e della realizzazione dell’opera è stato Padre Luca Caracciolo di Lecce, Vicario Provinciale della Provincia Osservante di Puglia. I Frati Osservanti giunti a Manduria ben presto costruirono la chiesa e alle spalle verso sud anche la casa conventuale, che fino al 1587 poteva ospitare comodamente fino a dodici religiosi.

Successivamente i Frati costruirono al piano terra uno dei chiostri più belli della Provincia religiosa della Regolare Osservanza, formato da colonne poligonali che si aprono nei capitelli a fiori su cui si elevano gli eleganti archi in stile gotico, arricchendolo con interessanti affreschi, andati quasi tutti perduti. Resta ancora qualche preziosa testimonianza, come “L’Albero della Serafica Riforma di S. Nicolò in Puglia” che riproduce su un albero fiorito 15 medaglioni con i Frati della Provincia più rappresentativi per santità e scienza: il Servo di Dio Ruggero Barci da Manduria, Missionario Apostolico, Fra Diego da Lequile storico dell’Ordine, i Servi di Dio Fra Serafino da Francavilla Fontana, Fra Antonio Monaco da Manduria, Fra Silvestro da Copertino e Fra paolo da Salice.

Nel 1592 ai Frati Osservanti subentrarono i Frati della Serafica Riforma, i quali apportarono significativi cambiamenti nelle dimensioni della struttura: i corridoi non dovevano superare mt. 2,09 di altezza e mt. 2,05 di larghezza, le celle mt. 2,75×2,70.

Verso la fine del 1600 i Frati Riformati aggiunsero il piano superiore al chiostro ottenendo una veranda coperta impostata ad archi a tutto sesto. Nei primi decenni del 1600 anche la chiesa rettangolare e con la copertura in legno subì delle trasformazioni. La volta della chiesa fu elevata e girata in muratura, dopo aver irrobustito i muri laterali.

Nel 1633 sul presbiterio della chiesa fu costruito un diaframma sulla cui superficie verticale furono create in tre ordini diciotto nicchie per esporre le reliquie nei busti dei santi. Le pareti e la volta della chiesa furono ornate con stucchi secondo il gusto barocco.

Dietro il presbiterio fu costruito il coro di giorno e nel piano superiore il coro di notte, come era consuetudine presso i Frati della Riforma, e, a sinistra, la grande sacrestia. Sono interessanti, come produzione artigianale degli intagliatori francescani, gli armadi della sacrestia e gli stalli del coro, brillantemente restaurati di recente negli anni 2017- 2018.

Il 25 aprile 1646 il Ministro provinciale, P. Onofrio battaglia di Capurso, in questa dimora francescana radunò il Congresso che definì il piano organico della Provincia Riformata pugliese di S. Nicolò.

Dopo la divisione del 1835, i Frati Riformati celebrarono nella Casa di Manduria il primo Capitolo provinciale della nuova Provincia salentina dei Frati Minori Riformati di S. Giuseppe di Lecce, che elesse come Ministro provinciale P. Serafino Tamborrino da Ostuni.

Il Convento di S. Francesco a Manduria è stato residenza di Frati francescani, figli del Poverello d’Assisi, morti in concetto di santità come il Servo di Dio, Fra Diego da Francavilla Fontana (1618) e Fra Antonio Monaco da Manduria (1662).

I Superiori utilizzarono questo Convento come Casa di Studio provinciale, nella quale hanno insegnato l’illustre teologo scotista, P. Serafino da Manduria (1706), il famoso filosofo di Avetrana, P. Bonaventura Sicara (1775-1778) e addirittura, nel 1848, il colto Arciprete di Manduria, Mons. Marco Gatti, prof. di Lingua greca e Filosofia. Per un certo periodo fu anche Casa di Noviziato.
La Dimora francescana di Manduria fu colpita dalla scure di entrambe le Soppressioni, quella del 1811 ad opera dei Francesi e quella decisa malauguratamente dal giovane Stato Italiano nel 1867; tuttavia per espressa volontà del Clero e del popolo manduriano è stata riacquistata e consegnata ai Frati Minori, legittimi proprietari, i quali con grande solerzia ne hanno curati gli opportuni restauri.

I Frati che oggi risiedono nel Convento di S. Francesco al centro della città di Manduria curano pure l’animazione della chiesa di S. Antonio di Padova, posta in periferia nel cuore del parco archeologico messapico.

La grande chiesa dedicata a S. Antonio di Padova fu edificata negli anni 1936-38 in stile neogotico, inglobando l’antica chiesetta dei Frati Cappuccini risalente al 1660. Come pale degli altarini posti nelle navicelle vi sono diverse tele del 1937 del pittore Paolo Emilio Passaro (Vallo di Lucania: 1878-1956).

Mentre nell’antica cappellina seicentesca ancora sono conservati tre artistici altari in legno ed alcune pregevoli tele: tutte queste preziose opere d’arte sono state messe al sicuro, dopo un accurato restauro sotto l’attenta guida della Sovrintendenza alle Belle Arti negli anni 1990-2000.

Nella nuova struttura conventuale, costruita per accogliere la fraternità, è incastonato l’antico conventino seicentesco intorno ad un suggestivo chiostro in miniatura.

Negli spazi del giardino conventuale a ridosso delle preistoriche mura messapiche la Provincia dei Frati Minori di Lecce ha fatto costruire in più riprese strutture imponenti per accogliere i numerosi adolescenti in formazione, attualmente riconvertite in Residenza Sociosanitaria Assistenziale “S. Antonio di Padova” per anziani e infermi.