L’attuale chiesa di S. Maria delle Grazie esisteva già nei primi decenni del 1500, in quanto, secondo fonti d’archivio, funzionava come luogo di culto dedicato a S. Rocco (e forse ancor prima a S. Sebastiano) e fu visitata dagli Arcivescovi di Brindisi, Mons. Francesco Leandri nel 1557 e da Mons. Giancarlo Bovio nel 1565.

La struttura della chiesa molto semplice e lineare è di stile tardoromanico con la facciata a monocuspide seguita dalle paraste d’angolo e dalla lunetta semicoperta dal portale barocco sovrapposto.

L’interno presenta una sala unica rettangolare con elegante copertura in legno in parte pitturato. Un solenne arco scolpito separa l’aula dal presbiterio che prende luce da un ampio finestrone centrale.

Alla stessa epoca e stile appartiene il corridoio del chiostro lungo un lato della chiesa e quello lungo via Leuca, che dovevano servire per accogliere i pellegrini sulla via per il Santuario di S. Maria di Leuca.

Nel 1581 il Comune di Leverano chiese al Ministro Generale della Regolare Osservanza, tramite il concittadino Padre Angelo Capilupo, la presenza di una Fraternità di Frati francescani a Leverano per custodire e servire la chiesa fuori le mura, che dai religiosi fu intitolata a S. Maria delle Grazie.
Il chiostro composto da 24 ogive poggianti su colonne poligonali è una chiara testimonianza dell’arte tardo gotica presente nel Salento. La superficie interna del chiostro, delimitata da archi, è tutta ricoperta da ovali e da scene affrescate riproducenti episodi della vita di S. Francesco, di S. Antonio e legate alla agiografia e alla tradizione francescana.

Il Convento oggi è completamente restaurato, ma nel tempo ha subito i danni delle varie soppressioni e, a cominciare dal 1952, ha accolto e curato i ragazzi orfani di guerra sotto la direzione dell’infaticabile P. Carlo Scagliosi di Sava.

In via Leuca, a trecento metri di distanza. sin dal 1960, su un terreno offerto da benefattori si avviò la costruzione di un nuovo ampio Istituto “S. Francesco d’Assisi” che ha funzionato fino al 1990 sempre come luogo di aggregazione e di educazione per orfani o ragazzi senza famiglia. Sin dal 1999, opportunamente e radicalmente trasformato e adeguato in Infermeria Provinciale, accoglie e dignitosamente cura i Frati ammalati e anziani non autosufficienti. Alla Fraternità dei Frati Minori è affidata la cura della cinquecentesca chiesa “Santa Maria delle Grazie”.

Nel corso di questi ultimi anni nella Chiesa, nella Sacrestia e nei pochi ambienti, dal Comune di Leverano lasciati a disposizione delle attività aggregative e pastorale dei Frati, si sono svolti lavori opportuni e introdotta una illuminazione a “led” per rendere più decoroso e accogliente il luogo di culto.
Mentre gli ambienti del Convento, chiostro, piano terra e primo piano, radicalmente restaurati e resi agibili con contributi regionali, sono e saranno in uso del Comune di Leverano per un decennio.
Presso il Convento sono attivi alcuni Gruppi ecclesiali come la Fraternità dell’ordine Francescano Secolare, la Confraternita dell’Immacolata, il coro liturgico.