Con la Bolla “Sacræ religionis” del 6 settembre 1471 il Pontefice Sisto IV concedeva ai Frati Minori della Regolare Osservanza, con il benestare di Ferrante di Aragona, di accettare la chiesa già costruita in onore di S. Francesco per iniziativa dei fedeli di Castellaneta, situata alquanto distante dalla città e di abitare il convento annesso. Il Pontefice Clemente VIII (1592-1605) col Breve “Alias ex decreto” dispose nel 1603 che pure la dimora conventuale di Castellaneta, come era accaduto per altri conventi costruiti dai Frati Osservanti, fosse abitata dai Frati della Serafica Riforma.

Subito i Frati della nuova Riforma, secondo le loro rigide convinzioni di povertà, operarono la trasformazione e il completamento della casa religiosa con i proventi della vendita dei Legati degli Osservanti e col sostegno economico del Principe di Castellaneta, Nicola Bartirotti e della sua famiglia.

In questa fase di modifiche e ampliamento, sopra al corridoio del primo piano del Convento, fu innalzato un suggestivo belvedere verso la città, configurato in veranda coperta scandito da una fuga di archi a tutto sesto.

Le celle furono rimpicciolite e i corridoi ridotti alle dimensioni rese obbligatorie per tutti i Conventi abitati dai Frati Riformati (m. 2,50 di altezza e m. 2,19 di larghezza).

nel 1726 il guardiano, P. Benedetto di S. Vito dei normanni, fece affrescare il quadriportico dal materano Giovan Battista Conversi, come è scritto nella parte interna della foresteria.

Nel 1708 le autorità Provinciali della Serafica Riforma decisero di aprire a Castellaneta una nuova filanda costruendo strutture adeguate in aggiunta al corpo del Convento e inviando per questa attività un gran numero di Frati.

Dopo la realizzazione di questi lavori costruiti al piano terra e al primo piano sempre con stile e armonia con il resto della fabbrica, in comunità si registravano oltre trenta religiosi. Così composta la struttura conventuale appariva vasta ed elegante, tanto che il Padre da Lama qualificò questo Convento “il più bello di quanti sono nella Provincia”.

Anche la chiesa subì trasformazioni che riguardarono l’abbassamento della navata destra per ottenere celle al primo piano e, soprattutto la costruzione della volta in pietra eliminando la copertura in legno e raddoppiando i muri perimetrali. L’altare fu avanzato riducendo il presbiterio e creando dietro l’altare il coro di giorno e sopra il coro di notte.

Il retablo dell’altare centrale con la custodia è opera dell’intagliatore Fra Francesco Maria di Gallipoli, l’altare di S. Antonio ed altre sculture in legno sono espressione dell’arte raffinata di Fra Giuseppe di Soleto. Il Calvario francescano è opera di Fra Angelo di Pietrafitta. nel 1708 Fra Ludovico di Gioia del Colle affrescò il refettorio e la chiesa.

Il 17 maggio 1706 l’Arcivescovo di Otranto, Mons. Francesco Maria d’Aste e l’Abate Francesco Carlino consacrarono la Chiesa; per l’occasione l’Abate Carlino compose la seguente Epigrafe: “Dopo un lustro e diciassette secoli, il 17 maggio il Presule Otrantino D’Aste, alla presenza del Principe della città Orsini, unse queste sacre pietre”.

Contribuirono a rendere la chiesa dei Frati Riformati Francescani di Castellaneta sempre più bella e più ricca di opere d’arte nel campo figurativo su tela i più esperti maestri di pittura di Scuola francescana: Fra Francesco da Martina Franca (S. Antonio di Padova, la scena sopra l’altare centrale, S. Francesco che riceve le Stimmate), Fra Giacomo di S. Vito dei Normanni (i Santi Pietro d’Alcantara e S. Pasquale Baylon, S. Bonaventura, l’Immacolata, S. Salvatore da Horta), Fra Giovanni da Brindisi; gli intagliatori Fra Giuseppe da Soleto, Fra Francesco Maria da Gallipoli, Fra Angelo da Pietrafitta; il frescante Fra Ludovico da Gioia del Colle.

Il convento di Castellaneta subì gravi danni con la soppressione del 1811 e nel 1866, quando gli ambienti conventuali furono utilizzati dal Comune come ricovero di mendicità. Nel 1896 il Vescovo francescano di Castellaneta, Mons. Matteo Giocondo De Nittis, riscattò il convento e lo offrì ai Frati Minori.

Sin dal 1986, ma per un certo periodo anche in passato, la casa di Castellaneta ha svolto la funzione di residenza dei Frati Professi temporanei, i quali si sono recati a Bari per frequentare l’Istituto Teologico di S. Fara, e, dopo un breve intervallo, ancora oggi continuano ad essere alunni del medesimo Istituto Teologico inserito nella Facoltà di Teologia di Bari.

Il primo Maestro dei Professi temporanei a Castellaneta è stato P. Angelo Massafra, attuale Arcivescovo di Scutari in Albania, poi P. Alfonso Polimena, P. Luigi Aluisi, P. Daniele Pichierri e P. Adolfo Marmorino. Il 12 Maggio 1979 Mons. Guglielmo Motolese, Arcivescovo di Taranto e Vescovo di Castellaneta, ha affidato la Parrocchia di S. Francesco d’Assisi, con sede nella chiesa conventuale, ai Frati Minori, i quali da alcuni anni continuano a svolgere il loro ministero parrocchiale nella nuova grande chiesa dei Santi Francesco e Chiara, posta al centro del moderno quartiere e consacrata il 29 giugno 2013 da Mons. Pierino Fragnelli e Mons. Benigno Papa.